Pada awalnya Madrasah Aliyah I Annuqayah Putri (MA I Pi) merupakan bagian dari Madrasah Aliyah I Annuqayah (MA I). Sejak tahun 1985, MA I Annuqayah menerima murid putri, tetapi penempatannya diselenggarakan secara terpisah. Pada tahun 2002, jumlah murid MA I Annuqayah mencapai lebih dari 1000 orang, dengan jumlah murid putri saja, dari kelas satu (sepuluh) sampai kelas dua (dua belas), mencapai 679 orang. Dengan jumlah yang relatif besar itu, maka muncullah gagasan pemisahan murid putri, untuk ditampung dalam sekolah tersendiri. Maka pada tanggal 24 September 2002, dilakukakan pemisahan antara MA I Annuqayah dengan mendaftarkan Madrasah Aliyah I Annuqayah Putri ke Departemen Agama. Sementara guru dan mata pelajarannya sama sekali tidak ada perubahan, kecuali guru-guru putra yang belum menikah tidak diperkenankan mengajar di MA I Annuqayah Putri.